Во-первых, потомкам флекс-контейнера в принципе не важно задание display, они всё равно будут флекс-потомками.
Во-вторых, задание марджина в пикселях и в процентах во флекс контейнере ведут себя по разному. Это нормально.
В-третьих, где пример?
Чёкатило, в отступах истина. многие не желают разбираться в неаккуратном коде. Таким образом вы сами себе уменьшаете шансы получить ответ на свой вопрос.