CDN vs свой билд — экономия на спичках.
Тем более если вам не нужен весь пакет.
Начну с самого плохого, неправильного и убогого варианта использования:
Это когда люди подключают бутстрап.мин.цсс, а потом в своем файлике начинают переопределять стили. Получается полный неподдерживаемый пиздец (я как раз сейчас натягиваю на сайт купленный (!) такой шаблон, нервы на пределе).
Люди, которые так делают приводят гнилой аргумент: а вдруг мы захотим обновить бутстрап? Серьезно, блять? Как часто вы это делали? ставлю сто баксов, что ни разу.
Как делать по феншую.
Для начала, естественно, использовать препроцессорные исходники (не будем выбирать конкретный порт, есть и lеss, и sсss, и stylus, кому что нравится).
Далее миксины. Не нужно подключать отдельные. Подключите valiables.scss и mixins.scss. Миксины не попадают сами по себе в билд, так пусть они все будут доступны.
Компоненты. Отключите ненужные, закомментировав импорты соответствующих файлов.
Кнопки. Если бутстраповские не нужны, отключите их. Напишите свои, используя миксины и даже копипасту части кода из бутстрапа. Это нормально.
Отличный вариант, если вы напишете свой миксин для кнопки (который и бутстраповские миксины может использовать). Ибо в бутстрапе, к сожалению, нет миксина make-button().
Если вам нужно переделать компонент или стиль (часто приходится модифицировать навбар, таблицы, навигацию, табы), не стесняйтесь исправить исходник. Но лучше исходнить отключить, скопипастить и подключить свой вариант (возможно даже поменяв классы, но это не всегда прокатит, ибо связанность ужасная). Править нужно, понимая что вы делаете. Потому что бутстрап внутри устроен через жопу. Взять хотя бы класс .nav — лютый пиздец, дикая связанность.
Пагинация, крошки. Никогда вас не попросят поставить исходные стили. Если по макету эти элементы имеют определенный стиль, этот стиль будет сохраняться. Смело меняйте. Или делайте дубликат.
Хелперы использовать нужно как можно меньше. Они нужны для быстрых набросков или правок "здесь и сейчас". Лучше опишите новый класс.
Опять же если вам нужен класс list-inline в единственном месте, то почему бы его не прописать?
Ссылки и статьи типа "как верстать под бутстрап" — это исключительно отстойный материал, написанный чаще всего такими же новичками, как и те, кто ищет подобную тему. Хотя базовую инфу вы конечно получите.