Да кто его знает.
Например дедупликация, или банальные симлинки с хардлинками.
Нужно понимать что система NTFS довольно богата возможностями.
Поэтому иногда сложно, а то и невозможно оценить занимаемое файлом или папкой место на диске.
Общий размер всех файлов в папке подсчитать в большинстве случаев не проблема, а вот сколько они места на диске занимают иногда вообще невозможно подсчитать.