Нашел в чём проблема. Всем спасибо за ответы. Проблема оказалась в конфиге nginx, а точнее в параметре listen.
Выдержка из документации:
Если же директив с параметром default_server нет, то сервером по умолчанию будет первый сервер, в котором описана пара адрес:порт.
ссылка
Были другие и конфиги, а в них как раз "listen ip:port" и получается, что listen важнее, точного совпадения с server_name. Так что нужно быть внимательным, да и listen просто так не юзать.
Еще раз спасибо.
P.S. Хотя всё равно странно почему всё сломалось после обновления.