Пара идей которые пока появились:
1. Если дойдёт до того что будете делать договоры с конечными клиентами, называть их "Доп. соглашение к договору-оферте" и формулировать в духе раздела 8 оферты. Обосновывать тем что клиент имел отношения с Upwork раньше чем с тобой, и платежные отношения у них на самом деле двухсторонние (несмотря на то что в договоре написано не так).
2. По идее можно было указывать характер работ в Milestone description, потом показывать e-mail который приходит при его выпуске с DKIM подписью. Если суды теперь принимают e-mail в качестве подтверждения показаний, то налоговая тоже не может такие документы игнорировать.
А вообще ясно изначально было что эти льготы и патенты никакой иной цели не имели кроме как обязать мелких предпринимателей иметь документы на каждый чих (со всеми побочными последствиями). Не надо было их брать.