Процесс записи кэшируется. То есть если начать копировать большие объемы на флешку, то сообщение "готово" появится раньше чем перестанут литься на нее. Естественно ничего хорошего с данными не будет при вытаскивании устройства до окончания записи... Аналогично, если какой-нибудь софт держит открытыми файлы на ней и ее выдернуть - буфера могут оказаться еще не сохраненными на нее.
В принципе это все чревато разрушением файловой системы, в особо неудачном случае до уровня "диск не форматирован".
Чисто абстрактно вероятна ситуация когда процесс записи прерывается при записи неких служебных блоков, после чего флешка кажется "убитой". Но это лечится фирменными утилитами. Естественно с потерей всех данных на ней.