На каждый распаковываемый файл система должна завести новую запись в файловой системе. В результате жесткий диск вынужден мотать головкой чтения/записи туда-сюда на каждый мелкий файл, из-за чего очень сильно падает скорость. Если вы хоть раз копировали 10000 файлов в папке на медленную USB флешку, вы должны были заметить, что много мелких файлов копируются в сотни раз медленнее, чем один большой