В вашем случае вероятно может помочь такой алгоритм действий:

1)раскрыть панель переключателей слоя:



2)обратить внимание на переключатель качество изображения слоя и субпиксельное позиционирование (или как оно там у вас на русской локализации)



3) выставить указанное в моём примере:

Шаг движения указателя - 1 кадр (клавиша PageDown).

Шкалу единиц измерения (кадры-время) можно переключить кликнув ЛКМ с зажатым Ctrl сюда:

А что бы совсем по сути вопроса то: миллисекунда = 1/1000 секунды, если вы сделаете проект в котором укажете частоту кадров 1000 в секунду, то шаг указателя будет именно 1мс.

С другой стороны максимальный фрейм-рейт в AE = 99к/сек, так что минимальный шаг можно установить в 1/99 секунды :)

Исходя из того, что у тебя всего 16GB RAM можно предположить, что медленно из-за этого.
То, что Motion Blur выключен - это очень хорошо.
Но есть и другие моменты:
1) выставлен ли максимум используемого RAM в настроках AE General->Memory, путём уменьшения резерва памяти для других программ (или в настройках Media Encoder (Preference->Memory) - эти настройки динамически меняются для этих приложений)?

2)чистишь ли ты перед рендером память в AE: Edit -> Purge -> All memory & Disk Cache ?
3) увеличен ли размер кеша настроках General->Media&Cache повыше от стандартных (32GB к примеру)
4) выставлены ли запись кеша на SSD , но не на HDD там же
5) запись рендера файла идёт на SSD, а не на HDD?
6) после запуска Media Encoder с готовым к старту проектом нужно чистить память (пункт 2) и, что очень важно, закрывать After Effects.
7) в настройках Export Settings в энкодере в Video->Bitrate Encoding обязательно выставить 1 проход (pass)

Также , там же в настройках можно понизить FPS rate, рендерить в 60 fps как тут было сказано вообще не стоит. 24fps будет достаточно, но в случае с ужасной скоростью рендера можно выставить рейт пониже.
8) Могу дать ещё маленький совет , который мне порой экономит до 50% времени: перед рендером, когда композиция уже есть в панели Media Encoder и настроена как надо: закрыть энкодер и перезапустить сессию винды на ПК. Потом запустить енкодер (композиция будет добавлена) и запустить рендер.

Если проект загружен эффектами, композициями, слоями и в хорошем разрешении, то замедленный предпросмотр – вполне естественная вещь. У всех так. Так что предпросмотр по секундам, а не по кадру в секунду это ещё хорошо.

Вообще тема ускорения предпросмотра/рендера довольна обширна и зависит от многих параметров: от настройки выделяемого RAM , от количества и качества RAM, от диска, на который кеш пишется (HDD/SSD), от процессора и видеокарты тоже зависит, но это не самое главное.

Первое, что вы можете сделать для ускорения предпросмотра:

1)выделить максимум RAM в настроках General->Memory, путём уменьшения резерва памяти для других программ.



2)Уменьшить разрешение отображения проекта с Full на Auto или вручную на Половину/Треть - этого будет достаточно в любом случае.



3)В настройках Preview попытаться выставить заниженный framerate , skip одного или нескольких кадров на превью, опять же занизить разрешение превью.



Один, несколько или все изменения сразу помогут вам ускорить предпросмотр. И не забывайте перед превью очищать память: Edit -> Purge -> All memory & Disk Cache

По работе со звуковыми файлами, удобней пока ничего не встречал.
По работе с различными пресетами есть: Animation Studio, а также AEViewer.
У первого есть свои библиотеки-пресеты для работы, вторая более универсальная и можно под себя каталог делать.