Попробуйте не gifgun, а старый добрый проверенный способ через PS:
1) Экспорт MOV+ALPHA через Encoder
2)Импорт MOV в Photoshop
3)Export for Web
4) поиграться с настройками Gif
Но нужно понимать , что Gif старючий формат, поддерживающий максимум 256 цветов и те на прозрачном фоне будут не ахти, на чёрном, к примеру, красивше получается.
