Шаг движения указателя - 1 кадр (клавиша PageDown).
Шкалу единиц измерения (кадры-время) можно переключить кликнув ЛКМ с зажатым Ctrl сюда:
А что бы совсем по сути вопроса то: миллисекунда = 1/1000 секунды, если вы сделаете проект в котором укажете частоту кадров 1000 в секунду, то шаг указателя будет именно 1мс.
С другой стороны максимальный фрейм-рейт в AE = 99к/сек, так что минимальный шаг можно установить в 1/99 секунды :)