отвечу в обратном порядке
2. ну видимо тем что слой смешивается с родительским и выше по дереву не лезет.
css-live.ru/articles/o-rezhimax-nalozheniya-v-css-...Учтите, что mix-blend-mode применяется к элементу и ко всем его потомкам
т.е. если дать стиль page__header, он смешивается (и что в нем- с ним смешивается). а вот если его потомку дать стиль, то он ни с чем кроме page__header уже не смешается.
видимо так, но точной инфы конечно маловато
1. выкатить навигацию в отдельный слой на один уровень с .page__header и .content
типа того-
https://jsfiddle.net/znohd8pp/3/
upd.
либо пробовать isolate, но у меня что-то на скорую руку не вышло ничего вменяемого.