Здравствуйте. Насколько я понял, вы сделали только интеграцию заказов Битрикса с 1с (без выгрузки номенклатуры). Если да, то необходимо к каждому товару добавить его xml ID, чтобы в 1с не создавался новый товар с таким же именем - т.е. сопоставить товар на сайте с товаром в 1с. Возможно, причина создания новых товаров заключается в этом. Чтобы узнать xml id товара используйте
обработку для 1с и дальше ее во внешний код товара.
