Ну могу предложить вам примерный путь.
1. Пишем C++ аддон, который будет шифровать и расшифровывать js файлы с заданным ключем.
2. Добавляем новый extension в require.extensions. Например encjs:
var decrypt = require('my_addon').decryptor('private-key');
require.extensions['encjs'] = function (m, filename) {
m._compile(decrypt(filename), filename);
};
Разрабатываем приложение на js, конечным пользователям отдаем encjs.