Слишком сумбурно описана задача, но что то похожее я давно пытаюсь реализовать в полном объеме для себя.
1. Если есть возможность четкого выделения централизованного хранилища, доступного всегда (точнее перед и сразу же после любых изменений на любых 'узлах'/местах/компьютеров), например флешка или сервер в сети, то достаточно использовать rsync или приложения на его основе (например rdiffbackup) — это наиболее эффективное по трафику средство синхронизации каталогов.
Так же можно воспользоваться более дубовыми средствами типа tar --incremental или diff/patch, если речь идет только о создании оффлайн патчей.
2. если четкого хранилища нет то готовых средств я не нашел, но почти всегда в частном случае задачу можно свести к первому варианту.
Вообще то что то монструозное и крутое я потихоньку разрабатываю в свободное время, возможно это будет комплекс средств сразу для нескольких платформ (pc/mobile), по крайней мере я устал ждать этого от dropbox и аналогов.
