ТС ссверху прав, только вёрстать вёрстать и вёрстать. Не понимаешь как, берешь заходишь на github, ищеш, что-бы поверстать, открив. исходники и начинаешь.

Сначала пробуй сам - потом подсмотри. И так по чуть чуть, и всё получиться.

Сделано это с помощью Jquery. К nav добавляется класс navScroll с белым беком.
Вот этот скрипт делает это:

$(function() {
    $(window).scroll(function() {
        var scroll = $(window).scrollTop() + 90;
        var currentArea = $("section").filter(function() {
        	return scroll <= $(this).offset().top + $(this).height();
        });
        $(".nav a").removeClass("selected");
        $(".nav a[href=#" + currentArea.attr("id") + "]").addClass("selected");

        if ($(window).scrollTop() > 100) {
            $('nav').addClass("navScroll");
            $('img.logo').addClass("logoScroll");
            $('div.menu').addClass("menuScroll");
        } else if ($(window).scrollTop() < 100 ) {
            $('nav').removeClass("navScroll");
            $('img.logo').removeClass("logoScroll");
            $('div.menu').removeClass("menuScroll");
        }
    });
});

P.S Всегда смотрите dev tools, найдете все что хотите)