Я уже прочитал, зачем вам оно надо, поэтому отвечу чуть развёрнуто, но без конкретики (хороших бесплатных обфускаторов не встречал потому что).
Обфускаторы есть двух типов:
1. обфускация исходного кода. В простейшем случае они удаляют комментарии, незначащие пробелы и переименовывают макросы/переменные/функции в нечто вида OO000O, при этом не меняя логику программы. Нужны только в том случае, если по условию лицензионного соглашения необходимо предоставить исходный код. Как бы и требования выполните и как-бы пользы от кода такого не много будет.
2. обфускация бинарного кода. может работать как с исходным кодом, так и с бинарником. Они запутывают логику программы, добавляя лишние ветвления, циклы, вызовы функций и всё, что могло прийти в голову авторам этих обфускаторов. Дизассемблировать и разбираться в логик такого кода "большое удовольствие".
Первых обфускаторов полно, в том числе бесплатных. А вот вторых или вообще за бесплатно нет или они давно не поддерживаются. Практически все сервисы защиты программ включают в себя обфускаторы, но стоят денег. Из триальных знаю ненавистный геймерами старфорс:
www.star-force.ru/products/starforce-obfuscator 
