Я использую webmin, из бесплатных, думаю, самая лучшая будет.
Ну а так предпочитаю директ админ использовать, но она стоит денег, и, к примеру, под дженту её нет.
И еще, у меня тут проблема есть с виртуальными хостами. Задать вопрос кармы нет.
Спрашивал уже и на форуме, и друзей достал, и на стэковерфлоу, никто не помог, чаще всего молчание.
Тут вопрос, собственно:
stackoverflow.com/questions/6609585/gentoo-apache-configuration-virtual-hosts-problem
может Вы сможете помочь? Если надо, могу перевести.