PYTHONPATH - это просто переменная окружения, так что ответ - устанавливается как любая другая переменная в вашей ОС, окружении, IDE и т.д. (о чём ничего сказано не было, хотя это скорее обстановкозависимый вопрос, чем вопрос по python, но возможно вы что-то другое имели в виду вопросом).
Очень странно. Если бы «разные base64» были, то есть косяки на уровне передачи, то получившийся файл был бы такой косячный, что просто бы не открылся. Если «есть искажения», то я тоже за то, что исходный сервер уже искажённую картинку пытается слать.