Привет!
1. Не понятно, должен ли у приложения быть ОДИН зарегистрированный аккаунт для всех пользователей, или для каждого пользователя - свой аккаунт? (пользователи между собой не имеют ничего общего)
Это исключительно на твое усмотрение. Если сделать один аккаунт, то деньги на нем будут "общие" у всех пользователей, и тебе нужно будет самому за ними следить.
2. Как проходит оплата, ведь через API это вряд ли можно сделать (в документации не нашел)
Самый простой вариант - пользователь переводит деньги на твой сервис, а ты - пополняешь аккаунт voximplant. Если пользователь voximplant один - то пополняешь этот единственный аккаунт, если же на каждого пользователя создается отдельный пользователь voximplant, то для этого в api есть возможность создания дочерних аккаунтов и переводить деньги с родительского на дочерний (
https://goo.gl/krDC2V) 
