Такой вариант, о котором вы думаете, можно сделать.
Так сделал я на своих сайтах. К каждой ссылке подставил функцию javascript, Которая перехватывает нажатие и отправляет ajax запрос на сервер. Такой формат мне позволяет работать с сайтом даже в том случае, если javascript отключен или случайно поломался.
<a id='click'> href='/index.php'>link</a>
Ну а в js что-то подобное.
$(document).ready(function(){
$('#click').click(function(e){
e.preventDefault();
// А вот тут уже можно делать что угодно касательно ajax
});
});