Дмитрий Масленников

Побуду кэпом, тормозит apache2
Что в access/error логах? Возможно получился DDoS вместо поиска уязвимостей ботом.
Сколько не 200х ответов за последние сутки?

На всякий случай покажите iotop, htop по F5 с апачем

Если MySQL справляется, то зачем что-то менять? Настроенная MySQL будет работать лучше, чем MongoDB с настройками по-умолчанию.

- will-change тут скорее должен быть с opacity
- Очень правильно подсказали про translate3d, но вцелом обе эти поправки не должны дать кардинальных изменений
- Вы зачем-то меняете весть translate, т.е. и по X и по Y. В то время, как значение Y не меняется. Юзайте

transform: translateX(200px);
...
transform: translateX(0px);

Конечно, это можно оформить и на чистом css со скрытым инпутом-радио (крестик "закрыть" - label for=""), но это уж совсем крайняя мера) Всё таки такой интерактив правильнее писать на JS

Возможно, проблема в том, что браузеру приходится перерисовывать много элементов в DOM. Попробуйте поюзать contain: content.

2. Какие решения Вы использовали, чтобы сделать анимацию более плавной

Native JS, т.к. он быстрее.

Гуглите "Курсоры MySQL"