База никогда не должна быть доступна наружу!
Порт 3306 должен быть доступен только с localhost, иначе все повторится.
Для того чтобы подключаться с другого компа надо делать, либо проброс порта через SSH (ssh user@example.com -L 3306:127.0.0.1:3306 -N), либо настраивай VPN.