Как можно взломать через порт ? Реально ли это и т.д.
База данных на открытом порту предоставляет дополнительные векторы для атаки, например брут форс или эксплоит (очень показательный вариант
CVE-2012-2122). Такого можно избежать закрыв доступ к 3306 порту.
о защите mysql знаю только о SQL инъекциях и о том что нужен норм пароль (что бы подобрать не смогли).
Базы данных в основном взламывают через ошибки в коде сайта и недостаточную фильтрацию входящих данных.
Нужно проверить код на возможность SQL-инъекция, так как появляется возможность извлечь root пароль. И в завершении проверить на XSS, так как можно украсть Cookies сессию администратора и через панель phpMyadmin работать c СУБД. Для этого вам понадобятся таки программы, как SQLmap, MetaSploit, Arachni.
Есть специальные ресурсы, сканеры уязвимостей, которые могут проверить большинство уязвимостей, например:
https://metascan.ru
https: //acunetix.com/
https: //detectify.com/