Оба варианта жизнеспособны, что бы разработчики не путались между проектами, надо перейти на кроспроектные запросы. То есть настроить запрос по задачам не в рамках проекта, а по всем проектам и будет вас счастье. Как вариант можно еще добавить кроспроектные версии, поставить плагин
Clear Plan и пусть разработчики работаю в рамках версионного плана работ