verdex, перечитал первоначальный вопрос
>А его файл php.ini должен лежать в /etc/php/settings/web.ini
и выходит, что user.ini вам не подойдёт, т.к. он должен находиться в document_root по аналогии с htaccess для apache
dims86, и при переносе не нужно устанавливать свежую систему. достаточно перенести базу, скопировать файлы и заменить пути и настройки базы в конфигах.
в части js не силён, так что подсказать не смогу.