Apply_filters не в хуках, это и есть хук :)
Если не вдаваться в разъяснения в виде кода (это уже хорошо сделал
WP_Panda), то человеческими словами это работает так:
1. В каком-то месте у вас есть значение. Вы его определили или получили откуда-то. Но вы хотите дать возможность другим разработчикам менять это значение, при этом не меняя ваш код. В примере панды это имя Vasya.
2. Чтобы дать возможность другим изменить ваше значение, вы оборачиваете его в функцию apply_filters, даете этому фильтру какое-то название (в примере панды - change_vasya_name), и передаете в эту функцию саму переменную, которая содержит ваше значение (Vasya).
3. Другой разработчик пишет свою функцию, которая подключается к этому фильтру по его имени - add_filter( 'change_vasya_name', $text ) - и эта функция на лету примет на входе то значение, которое определили вы (Vasya), может его заменить/изменить (например, на Petya) и вернуть обратно.
4. WordPress когда читает код всех файлов собирает все фильтры в одну стопочку, и их коллбеки (см. п. 3) раскладывает тоже по стопочкам, каждому фильтру свои коллбеки. На одном фильтре может быть много коллбеков (функций). Далее он сортирует их по приоритетам и выполняет по очереди. Таким образом, вместо того, чтобы просто взять ваше значение (Vasya) и использовать дальше его, WP посмотрит, есть ли на этом фильтре функции, если да - выполнит их и вместо Vasya уже будет использовать то значение, которое вернет последний фильтр (в нашем случае он один и возвращает Petya).
