1) в ассет бандлы скрипты не включаются. вообще ни на какой платформе. везде в объектах остаются ссылки на скрипты. все скрипты идут вместе с приложением. а ассет бандл - просто по id подтягивает нужные скрипты на нужные места и поля сериализует.
так что добавить новый скрипт в игру - через ассет бандл - не выйдет.
а вот поменяв скрипт (не создавая новых полей назначенных в редакторе и тп) - можно пересобрать само приложение. а бандл продолжит работать.
2)Можно и в сборку добавлять, но обычно ассет бандлы грузят с сервера своего же. а значит на этом сервере ничего не мешает вам поднять небольшое простенькое REST API.. у которого спросить "что там грузить и как оно называется"
При варианте когда сервер говорит что грузить и есть ли новая версия и подобное - пересобирать не всегда понадобится.
надеюсь полезно вам это и понятно))