Захар Морозов: Нет, я про buffers в конфиге nginx или buffers в разрезе php-fpm - в любом случае простейшие странички не должны предварительно сохраняться на диск.
А что вы поднимаете под статикой? Случайно не js? Он тоже скриптами у вас генерируется.
Еще вот какие ошибки есть - Method Illuminate\View\View::__toString() must not throw an exception, caught ErrorException: Fatal error: Call to undefined function yaml_parse_file() - может он и вызывает 500 ошибку.
Руслан Шадура: Я даже затрудняюсь предположить что в php мог испортить javascript. Разве что в скриптах есть какие-то операции по чтению файлов с диска (скриптов) и какая-то работа с ними.
Для начала увеличивайте (если возможно) буферы в nginx - у вас почти каждый запрос пишется буферизируется в файле. Потом надо смотреть error_log у php-fpm на тему почему падают скрипты или может быть падает сам php-fpm.
Михаил Семин: Я даже не знаю как вам помочь, вопрос достаточно объемный для отсутствия опыта.
Могу только направить на поисковые фразы:
php циклы
php запуск по расписанию
crontab
php парсинг xml
php работа с mysql
php добавить запись в mysql
php прочитать из mysql
Сорри если не достаточно подробно.
В вопросе написано "Сам скрипт выглядит примерно так:" однако скрипта не видно, может добавите его. Может быть и не стоит все так усложнять.
ping ns.domain.ru показывает ip сервера в США?
Если да, то с настройкой DNS все хорошо и нужно настраивать апач.
Возможно там не включены VirtualHosts или конфиг не там расположен.
То есть строки видно что ищутся все, но выводятся без перевода строки, а только с возвратом каретки.
Еще откуда-то пробел взялся - пока не понял откуда.
То есть preg_match("/<[^>]*script*\"?[^>]*>/", $check_url) и тд.