alienstone

FINDOPTS=''

while getopts "i:e:" opt; do
    case $opt in
        e) FINDOPTS=$FINDOPTS" --exclude $OPTARG ";;
        i) FINDOPTS=$FINDOPTS" --include $OPTARG ";;
    esac
done

echo $FINDOPTS

$ ./getopts.sh -i path1 -i path2 -i path3 -e path4 -e path5 
--include path1 --include path2 --include path3 --exclude path4 --exclude path5

зачем нам нужна функция putenv()

как она кардинально может отличаться от простого доступа по указателю к переменной char** environ?

If the application modifies the pointers to which environ points, the behavior of all interfaces described in the System Interfaces volume of POSIX.1-2008 is undefined.

for (int i = 0; getline(in, line); i++) {
    vector<int> row; //создаем одномерный вектор
    for (int j = 0; j < line.size(); j++) {
        row.push_back(line[j]); //набиваем значениями 
    }
    matrix.push_back(row); запихиваем полученный одномерный вектор в двумерный.
  };

к сожалению в выходном файле никаких закономерностей не обнаруживается