Для компании это снижение налогов, причем очень легальное. Часто в таких вакансиях можно олбсудить, что налоги платит компания (то есть по факту Вам просто перечисляют немного больше денег), даже в таком сценарии налоги сокращаются с почти 50% до 8-9%, что очевидно выгоднее.
Больничные и отпуска нередко также предоставляют, просто официально это нигде не оформляется. Грубо говоря, в месяц, когда Вам предоставят отпуск, просто работы оценят в большее количество часов.
С точки зрения работника два минуса - возможность расторгнуть договор одним днем (но поверьте, обычный трудовой договор тоже прекрасно одним днем и даже задним числом расторгается, есть обычно рычаги соответствующие) и отсутствие декретного отпуска (это действительно большой минус). Кстати, возможность расторгнуть договор одним днем в случае ИП появляется и у Вас, что в редких случаях может быть и плюсом.
Небольшой минус - нужно все-таки самому следить за своей бухгалтерией и налогами.
По поводу "зарплата выше" - это же рынок, Вы оцениваете себя в определенную сумму, компания тоже оценивает выполняемую работу в определенную сумму. Сошлись - работаете, не сошлись - ищете дальше.