Большинство (перестраховка) популярных фреймворков имеют тот или иной вид ORM, позволяющий не задаваться (почти) вопросом где и как хранятся данные. Так же как имеют более-менее развитые средства работы с формами или даже генерации CRUD-интерфейсов. Отчёты — шаблонизаторы или сам PHP.
Чисто субъективно для бизнес-приложений посоветовал бы присмотреться к Symfony2(+Doctrine2+Twig). По-моему там сильнее всего идёт разделение бизнес-логики, представлений и логики приложения (роутинг, хранение и т. п.).