Проблема решена. Обновил npgsql до 3.0.7 (
https://www.nuget.org/packages/EntityFramework6.Np... и поменял конфиги:
<entityFramework>
<defaultConnectionFactory type="Npgsql.NpgsqlConnectionFactory, EntityFramework6.Npgsql" />
<providers>
<provider invariantName="Npgsql" type="Npgsql.NpgsqlServices, EntityFramework6.Npgsql" />
</providers>
</entityFramework>
<system.data>
<DbProviderFactories>
<remove invariant="Npgsql" />
<add name="Npgsql Data Provider" invariant="Npgsql" support="FF" description=".Net Framework Data Provider for Postgresql"
type="Npgsql.NpgsqlFactory, Npgsql" />
</DbProviderFactories>
</system.data>
В интернете натыкался на информацию, мол правильно писать так:
<defaultConnectionFactory type="Npgsql.NpgsqlFactory, Npgsql>
У меня именно из-за этой строки возникала ошибка.