Вы оказались правы. Проблема в кэше. Но в моем случае это был кэш докера. Я хотел закэшировать /var в проекте, чтобы docker быстрее работал вот так:
volumes:
- ./var:/srv/www/project/var:cached
Но из-за него все сломалось. Я рассчитывал, что он просто не будет это синхронизировать, но это оказалось не так, что впрочем очевидно (написано ведь :cached)
javedimka, Я узнал об этом начав разбираться с миграциями, поэтому и спрашиваю, есть ли способ добавить это в схему, не создавая доп. миграций на чистом sql.