Алексей

var lastCall = 0;
function handle() {
  var now = Date.now();
  if(now - lastCall > 1e3){
    // логика ...
    lastCall = now;
  }
}

jsfiddle.net/hstadu0b

Элементарно, Ватсон. Тыщи сеток построены по такому принципу:
https://jsfiddle.net/o8qLL3aj/

Вы все делаете правильно. Просто вы используете webpack в режиме dev-server (сервера разработчика), когда выполняете команду npm start, поэтому файла физически "как будто бы нет"

Чтобы получить файл физически, нужно выполнить webpack, но с таким конфигом, возможно этого не произойдет.

Кстати, чтобы понять, что делает npm start - загляните в package.json, там есть пункт: scripts
Оттуда видно, что выполняется node server.js, то есть в этом случае npm start === node server.js (можете проверить, запустив из консоли node server.js)

А уже server.js создает сервер и использует возможности webpack-dev-server
Подробнее описано здесь

А сам код синхронным не называется, это его по ошибке или для упрощения так называют. Синхронным и асинхронным называется только API ввода-вывода, т.е. операции, прерывающие исполнение кода и требующие от системы обратиться к внешнему устройству, работающему не синхронно с центральным процессором. Операции ввода-выдвода, каковые есть: работа с дисками, портами, контроллерами, периферийными устройствами, как клава, мыша, тачскрин, разные датчики, вебкамера, сетевые карты, блютузы и другие радиомодули, принтеры, видеокарты и прочее. Все они получают задание от программы, и исполняют его отдельно, своими мощностями. Потом внешние устройства присылают программе сигнал о статусе исполнения и, возможно, полученные данные. Программа все это время может ждать (если у нее синхронное API, т.е. блокирующее) или что-то делать (если асинхронное, т.е. не блокирующее). Если программа ждет, не переходит к выполнению следующего действия, то это синхронный ввод-вывод, потому, что осуществляется процесс синхронизации программы с внешним устройством. Внешне устройство посылает прерывание, которое обрабатывает операционная система и через несколько слоев драйверов оно попадает в программу, обычно в виде колбека или события. Если программа ждала, то вызов API не завершался, она все время слушала, когда придет событие о завершении операции ввода вывода, а получив его API отдает ответ и управление переходит к следующей команде, что и называется, синхронизацией с периферийным устройством. Если программа не ждала, то вызов API сразу завершается и не блокирует поток выполнения программ, это называется асинхронным API, потому, что процесс синхронизации не происходит явно, а ответы возвращаются через события.

Мб проблема в том, что bundle.js у вас просто кэшируется.
Попробуйте использовать это
Он добавляет hash к имени файлу и меняет его при каждой пересборке, поэтому bundle грузится каждый раз заново.
Плюс, не надо прописывать в index.html имена js файлов. Очень помогает, когда их несколько.