Вы все делаете правильно. Просто вы используете webpack в режиме dev-server (сервера разработчика), когда выполняете команду npm start, поэтому файла физически "как будто бы нет"
Чтобы получить файл физически, нужно выполнить webpack, но с таким конфигом, возможно этого не произойдет.
Кстати, чтобы понять, что делает npm start - загляните в package.json, там есть пункт: scripts
Оттуда видно, что выполняется node server.js, то есть в этом случае npm start === node server.js (можете проверить, запустив из консоли node server.js)
А уже server.js создает сервер и использует возможности webpack-dev-server
Подробнее описано
здесь 
