Могу только предположить.
1. На Вашей почте на Яндексе могло быть создано правило (фильтр), перемещающее такие письма во Входящие.
2. Или сбор писем на Яндексе ведётся по протоколу POP и для сбора указана папка Входящие.
3. Про Thunderbird сказано в комментариях к моему ответу.
