Для таких целей используют nvm (Node Version Manager)
Если вы под Windows, то попробуйте https://github.com/coreybutler/nvm-windows
Версию под Windows я сам не пробовал, но я думаю всё должно работать.
Если перестало отбражаться дерево каталогов проекта или изначально не отображалось, перейдите File->Settings->Directories и выберите Add_Content Root (путь к директории проекта)