Если перестало отбражаться дерево каталогов проекта или изначально не отображалось, перейдите File->Settings->Directories и выберите Add_Content Root (путь к директории проекта)
У меня такая же ситуация, получилось, но только если открыть проект, то есть не список проектов в модальном окне, а выбрать ту папку с проектом. Macos Big Sur, PhpStorm 2020.3