Если в запросах участвуют не сильно много данных (не целиком несколько таблиц, а лишь некоторые колонки), то помогут грамотно проставленные индексы. СУБД индексы кешируют в памяти сами и поиск по ним очень быстр.
Если у вас запросы LIKE по каким-нить большим blob полям, то вероятно структура БД неверная и нужно искомую информацию заранее, на этапе записи, выносить в отдельные столбцы. Тем более что у вас 95% select запросов.
В любом случае от LIKE запросов лучше избавляться, сервер провалится от нагрузок даже если у вас всё в памяти будет лежать. Если это поиск по тексту, то советую посмотреть в сторону поисковых движков, например sphinx.
Чтобы тестировать модули приложения, нужно, что бы у него была грамотная архитектура, позволяющая это делать. Express вам вряд ли нужно тестировать (т.е. отправлять реальный http запрос), скорее всего достаточно будет вызывать экшены с указанием параметров, заголовков и т.п.
А вообще вопрос не точно сформулирован.
Память течь не должна, @virpool прав. Я бы не рекомендовал использовать requirejs для ноды - он сильно усложняет отладку (когда действительно потребуется искать утечки памяти).