После rollback можно сделать так:
if (!$this->entityManager->isOpen()) {
$entityManager = $this->entityManager->create($this->entityManager->getConnection(), $this->entityManager->getConfiguration(), $this->entityManager->getEventManager());
$this->serviceManager->setAllowOverride(true);
$this->serviceManager->setService('entityManager', $entityManager); //Имя сервиса возьмите то которое у вас используется в фабрике или в конфиге доктрины
$this->serviceManager->setAllowOverride(false);
$this->entityManager = $this->serviceManager->get('entityManager');
}