Код:
$this->entityManager->beginTransaction();
$this->entityManager->persist($entityA);
$this->entityManager->flush();
...
$this->entityManager->rollback();
$this->entityManager->persist($entityB);
$this->entityManager->flush();
Transaction commit failed because the transaction has been marked for rollback only
После того как вызываю роллбек транзакции доктрины она помечает транзакцию rollbackOnly внутри и дальше невозможно вызвать у em функцию commit ни на какой из транзакций, считай как будто EM закрылся и его использовать больше нельзя, если случился rollback.