aboyev

Вопрос такой как правильно выполнить join запрос и конвертировать все это дело в пригодные для retrofit данные?

Конкретно такой вопрос уже задавали на гитхабе, вот пример кода:

List<Foo> foo = new Select()
    .from(Foo.class)
    .innerJoin(Bar.class)
    .on("Foo.Id=Bar.Id")
    .execute();

Результат можно сериализовать с помощью gson и отправлять на retrofit.

Так же еще вопрос когда стоит использовать такие библиотеки как ActiveAndroid?

На мой взгляд, предпочтительнее пользоваться ORM, если не требуются особенно сложные запросы (например объединение нескольких таблиц и сортировка нестандартным образом). На данный момент уже существует множество зрелых решений и ActiveAndroid довольно неплохой выбор.
Удачи!