Если у вас Mac — там есть тайм-машина.
Если у вас Linux, и не хочется париться —
backintime.le-web.org/ (бэкапит через rsync, обвязанный графической приблудой, умеет правильно прописывать себя в крон, и тд)
Если Windows — там вроде как встроенные средства бэкапа есть.
Во всех трёх случаях на серверной стороне используется samba. Поэтому, если нужно забэкапить небольшую команду, работающую на разных ОС, можно посмотреть в эту сторону.