Лучше 301 редирект делать на нужные страницы, а не 404 ошибку. Если вдруг пользователь зайдет по неправильному адресу (с верхним регистром), то лучше дать ему нужную страницу, а не ошибку.

Вот тут был ответ про редирект Как настроить 301 редирект с верхнего на нижний регистр в WordPress?

Поддерживаю про поддомен, только, наверное, как раз shop.site.ru, интернет-магазин на поддомен вынести.

А в целом аффилированности, скорее всего не будет. Аффилируют сайты, когда они разными доменами пытаются ранжироваться по одинаковым запросам, вот тогда их понижают в выдаче.
Если запросы по двум этим сайтам не будут пересекаться вообще, то можно и отдельно делать.

Но тут еще важно оценить с точки зрения общего восприятия бренда. Возможно, поддомен как раз окажется более выгодным мероприятием на долгий срок.

Лучше перепишите код вот так:

<?php
$posthide = get_the_ID();
$args = array(
     'orderby' => 'rand',
     'showposts' => 10,
     'cat' => array(-4,-7),
     'post__not_in' => array( $posthide, 12, 16)
);
$news = new WP_query(); $news->query($args); 
while ($news->have_posts()) : $news->the_post(); 
?>
<li><a href="<?php the_permalink() ?>"><?php the_title(); ?></a></li>
<?php endwhile; ?>

Немного не уверен, что в cat нужен array, если будет ошибка, попробуйте там просто -4,-7.
Так код нагляднее и проще написать, чем пытаться в строке найти ошибки с кавычками и т.п.