Если вопрос только в том, чтобы тень не нависала над меню, то достаточно поменять z-index у какого-то из родительских блоков этого меню, т.к. именно по этой причине у вас эта ситуация "не лечится z-index'ами".
P.S. Не забудьте добавлять position: relative, чтобы z-index заработал у блоков, где никакого position не было прописано