Поддерживаю про поддомен, только, наверное, как раз shop.site.ru, интернет-магазин на поддомен вынести.
А в целом аффилированности, скорее всего не будет. Аффилируют сайты, когда они разными доменами пытаются ранжироваться по одинаковым запросам, вот тогда их понижают в выдаче.
Если запросы по двум этим сайтам не будут пересекаться вообще, то можно и отдельно делать.
Но тут еще важно оценить с точки зрения общего восприятия бренда. Возможно, поддомен как раз окажется более выгодным мероприятием на долгий срок.