Sneiksus, архивируете нужные файлы в zip. Потом кодируете весь файл в base64 (он станет текстом). Потом этот текст загоняете в свой инсталлятор в виде переменной. При запуске инсталлятора переменная записывается в файл с расширением zip где-нибудь во временной папке, а затем уже мы просто распаковываем архив и копируем файлы куда надо.
Sneiksus, если я не ошибаюсь, самораспаковщику можно указать скрипт, который будет выполняться после распаковки. В скрипт можно засунуть команды, что куда копировать.