Zettabyte

Подключайте как есть, всё должно работать.

Если вдруг возникнут сомнения, можете скачать R.tester, он показывает поддерживаемые и используемые режимы работы SSD и жёстких дисков: https://rlab.ru/tools/rtester.html
При желании в нём же можете запустить тест чтения и посмотреть на график скорости.

когда меняю местами кабель САТА в материнке от ХД, то ССД начинает видеть, а ХД нет

А сколько SATA-портов у вас на материнской плате?

Если сходу, и с имеющейся ограниченной информацией, то выглядит так, будто у вас один порт САТА на материнской плате неисправен, либо как-то по особому настроен, вплоть до отключения.

Восстанавливаю жесткий диск с BADами через DOSовскую версию HDD Regenerator

Вы добавили тэг "Восстановление данных". Если вам нужны данные с этого диска, то останавливайте процесс немедленно!

HDDRegenerator ничего не восстанавливает. Всё, что вы можете сделать с его помощью - это ухудшить ситуацию, или добить диск окончательно.

Рассказы про "особые внутренние алгоритмы" - чушь и сказки. Всё, что делают подобные программы - это насилуют диск, и так находящийся на грани. Именно поэтому в англоязычном сегменте сети его называют не иначе как HDD Degenerator.

как его можно напрямую подключить к ПК, чтобы проверить рабочий ли он без платы?

У вас два варианта:

1. "Адаптировать" под вашу "банку" плату от такого же SATA-диска (внутреннего);
   
2. Подпаяться к нужным выводам на имеющейся плате, если она жива, либо заменить её и сделать то же на живой.

Первый для новичка и домашних условий сложноват. По второму у нас нет гайда именно для Toshiba, но вот пример замены USB-платы на SATA для жёсткого диска Samsung, а вот переделка ЮСБ-платы в САТА для диска WD. Вариант c ВД совсем хардкорный, там даже паяльник специалисту не дают :)

Может кабели какие есть, переходники

Переходник вам не подойдёт, "переходник" (мост) у вас был на ЮСБ. А сейчас как раз нужно получить прямое соединение по САТА.

прежде чем отдать его на диагностику в сервис, где с меня три шкуры сдерут

Какая у вас задача? Получить рабочий диск (здесь лучше всего гарантия, но может быть сложновато после вскрытия), или восстановить с него информацию?

Если второе, то в нормальных компаниях по восстановлению данных диагностика бесплатна. Более того, судя по вашему описанию, сейчас цена восстановления с высокой вероятностью будет вполне приемлемой.
Главное - не добейте диск сами и не ходите в разные "сервис-центры", "ремонты ноутбуков" и подобные места. Вам нужна фирма, занимающаяся только восстановлением данных и ничем больше. Краткая универсальная памятка по выбору есть вот тут: https://восстановление-данных.рф/

Хотим собрать сервер на SAS 12G (прям мечта)

Не то, чтобы прямо ответ на ваш вопрос, но увидев упоминание SAS12G, не смог пройти мимо.

Если вам интересна тема "гонки серверных интерфейсов", посмотрите недлинный пост о SAS3 (12G) и SAS (3.0G). Там на старом контроллере удалось получить 790 МБ/с.