Лучше хранить в сессиях.
В самом начале страницы session_start();
Записывайте, например, в $_SESSION['captcha'], эти данные будут храниться на сервере, а у клиента будет в куках только ключ этой сессии.
Если Вы используете mysql — то ответ один: только unixtime.
Доводы:
1. База занимает меньше места.
2. Поля хорошо индексируются.
3. Работа с вычислениями ничуть не сложнее чем в случае с datetime.
4. Быстрее проходят операции над датами как на уровне базы так и на уровне бэкенда.
5. Значительно упрощается процесс форматирования и обработки при выводе.