Не знаю если честно.
Но как мне кажется, не стоит связывать.
Да и зачем у вас категории в адресе на материал?
Вы ведь API делаете. Пускайте в фильтре или заголовком.
Допустим GET /api/v1/articles?fq['category']=1
(ну или в заголовке)
Получаем все статьи из категории. Если без фильтра, то получаем вообще все статьи.
Можно конечно и переработать структуру.
Маршруты делайте как удобно, а модели и иже с ними, логично располагать.
Мне все равно какой роут у нас в проекте. Если мне надо что то поменять, я и так знаю где искать.
К примеру мне надо изменить модель статей (с переводом в лару).
Domain/Model/Article/ArticleModel.php
(это если домен делать, ну или оставить App )
UPD:
У нас принято в конце каждого файла, давать название, что он делает.
App/Request/Article/ArticleRequest.php
App/Model/Article/ArticleModel.php
App/Model/Article/ArticleCategoryModel.php